水處理劑之使用季銨鹽作為殺生劑時，需要注意

(1)避免與陰離子表面活性劑同時使用。因為大多數情況下可能產生沉淀而使季銨鹽失效，但與非離子型表面活性劑共用時，無不良影響。

 

(2)當水中有機物質較多，特別是有各種在水中能解離出負離子的有機竣酸和聚合物存在時，季銨鹽易被有機物吸附而消耗，從而使藥效下降。

 

(3)不能與氣酚類殺生劑共用。

 

(4)大量的金屬離子，如鋁離子、亞鐵離子等的存在會降低藥效，甚至大量的鈣離子、鎂離子的存在對殺菌率也有一定影響。

 

(5)在一定范圍內，溫度高時殺菌力增強。50°C時的殺菌力約為常溫時的兩倍。

 

(6)在弱堿性（pH=7?9)的水質中效果較好。

 

(7)季銨鹽殺菌一般起泡多，常常須使用消泡劑以消除過多的泡沫。但一定程度助起泡特性，可使被剝離下來的微生物黏泥和污垢更易懸浮于水中。

 

(8)由于價格原因，投藥方式一般采用與其他殺菌劑交替使用的方式，每隔數日采用一次沖擊式大劑量投藥，可獲得較好的效果。

 

國內有報道用亞氨基二甲叉磷酸（IDPA)等化合物來替代季銨鹽分子結構中的Cl-離子或Br-離子，使季銨鹽的殺菌能力有所增強，同時具備一定的緩蝕能力。